Salah satu kekurangan Deltek ERP adalah kurangnya fitur untuk manufaktur, sehingga mungkin tidak cocok untuk perusahaan dalam sektor tersebut. Selain itu, biaya implementasi yang tinggi juga menjadi kendala potensial.Umumnya perusahaan kurang berfokus pada peningkatan kemampuan stafnya karena prioritas utama yaitu kesuksesan dalam implementasi ERP.